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Institut Pasteur de la Guyane, laboratoire des intéractions Virus-Hôtes

Mots-clés : VIH, herpèsvirus, virus de la rage, hantavirus, arénavirus, arbovirus, émergence, Interactions Virus-Hôtes, faune sauvage, évolution.


Personnel de l’équipe résident en Guyane :

 

  • Chercheurs et enseignants-chercheurs :
  • - Vincent Lacoste, PhD, HDR                                                          vlacoste@pasteur-cayenne.fr
  • - Anne Lavergne, PhD, HDR                                                          alavergne@pasteur-cayenne.fr
  • - Benoît de Thoisy, DrVet, PhD                                                     bdethoisy@pasteur-cayenne.fr

 

  • Post-Doctorants :
  • - Marie-Claude Lise, PhD

 

  • Doctorants :
  • - Ariel Salmier, 01/10/2012-30/09/15 (dir : Anne Lavergne)

 

  • Techniciens :
  • - Edith Darcissac
  • - Damien Donato
  • - Clément Lambert

 

Thème de recherche :

 

  • Description des thèmes de recherche :
  • Les thématiques du LIVH sont centrées sur les interactions virus-hôtes qui sont abordées sous différents
  • aspects : les virus étudiés sont à la fois des virus à ARN ou à ADN et la notion «d’hôtes» ne se limite pas à l’homme, mais concerne également les mammifères terrestres et arboricoles ainsi que les chiroptères.
  • Ainsi, une des thématiques développées au laboratoire s’intéresse au rôle des mammifères sauvages dans la dynamique et l’émergence de différents virus (Hantavirus, Arenavirus, rage et arbovirus).
  • Un autre volet de recherche abordé par le LIVH concerne les processus de co-évolution avec, comme modèle d’étude, les Herpèsvirus et les primates non humains.
  • Par ailleurs, outre ces programmes de recherche, le LIVH assure aussi une activité d’expertise/service dans le domaine du VIH-1 en assurant l’analyse génotypique des résistances du VIH-1 aux antirétroviraux pour la région Guyane ainsi que pour le Suriname.
  • Enfin, en termes d’enseignement, les membres du laboratoire participent à divers cours de niveau licence, master ou diplôme universitaire (DU) organisés par l’Université des Antilles et de la Guyane.

 

  • Compétences spécifiques et savoir-faire :
  • - Virologie
  • - Biologie moléculaire et cellulaire
  • - Phylogénie
  • - Génétique des populations
  • - Capture et identification des mammifères

 

  • Équipement spécifique :
  • - Plateforme et équipement classique de biologie moléculaire

 

 

  • Illustrations :

Partenariat et réseaux :

  • Régional :

- Institut Pasteur de la Guyane (LABM, Laboratoire de Virologie, Unité d’entomologie)
- Centre Hospitalier Andrée Rosemon (CHAR), Cayenne
- Centre Hospitalier de l’Ouest Guyanais (CHOG), Saint Laurent du Maroni
- LabEx CEBA
- Association Kwata
- Ifremer

  • National :

- Paris (Institut Pasteur), Lyon (UMR CNRS 5558), Marseille (IMTSSA), Montpellier (UMR 145 IRD/UM1 et UMR 5554), Villiers en Bois (CEBC, CNRS UPR 1934), Fort-de-France (CHU, JE 2434)

  • International :

- Suriname, Brésil, Colombie, Mexique, Pays-bas, Etats-Unis, Réseau International des Instituts Pasteur (Centre Pasteur du Cameroun, Institut Pasteur de Madagascar)

Vulgarisation et diffusion scientifique :

  • Réunions scientifiques

L’IPG organise une réunion scientifi­que mensuelle, ouverte à la communauté scientifique de Guyane. Celle-ci se déroule le troisième vendredi de chaque mois à la bibliothèque de l’IPG.

Cette réunion est l’occasion pour un membre de l’Institut ou tout partenaire extérieur de venir présenter ses travaux en cours ou un projet en développement.

Les sujets traités sont divers. Ainsi, parmi les dernières présenta­tions, Vincent Pommier de Santi, médecin épidémiologiste à la di­rection interarmées du service de santé est venu présenter les résul­tats d’une enquête épidémiologique sur une épidémie de toxoplas­mose dans les forces armées de Guyane. Benoît de Thoisy, du labo­ratoire des interactions virus-hôtes, responsable scientifique de l’as­ sociation Kwata, a parlé du programme JAGUARS (pour Joining Ama­ zonia and GUianas with Animal Related Science): richesse et intérêts des collections de tissus animaux pour la connaissance de la diver­ sité amazonienne.

C’est aussi l’occasion pour les post-doctorants du programme STRonGer de présenter leurs parcours et les projets sur lesquesl ils travaillent. La dernière réunion s’est tenue le 19 juillet. Pierre Freyre, étudiant au laboratoire des substances naturelles Amazoniennes (UMR EcoFog), y a présenté les résultats obtenus sur l’impact de la fluorescence sur les interactions interspécifiques entre Mimosa pu­dica et le papillon Hemiargus hanna.

 

Publications significatives :

 

  • 2014 :

- Gay N, Le Hello S, Weill FX, de Thoisy B, Berger F.(2014) Salmonella serotypes in reptiles and humans, French Guiana.Vet Microbiol. 2014 May 14;170(1-2):167-71 [article]

- Matheus S, Pham TB, Labeau B, Huong VT, Lacoste V, Deparis X, Marechal V. (2014) Kinetics of Dengue Non-Structural Protein 1 Antigen and IgM and IgA Antibodies in Capillary Blood Samples from Confirmed Dengue Patients. Am J Trop Med Hyg. 2014 Mar;90(3):438-43 [article]

- Reynes JM, Razafindralambo NK, Lacoste V, Olive MM, Barivelo TA, Soarimalala V, Heraud JM, Lavergne 2014 Anjozorobe hantavirus, a new genetic variant of Thailand virus detected in rodents from Madagascar. Vector Borne Zoonotic Dis. 2014 Mar;14(3):212-9 [résumé]

- de Thoisy B1, Matheus S, Catzeflis F, Clément L, Barrioz S, Guidez A, Donato D, Cornu JF, Brunaux O, Guitet S, Lacoste V, Lavergne A. (2014) Maripa Hantavirus in French Guiana: Phylogenetic Position and Predicted Spatial Distribution of Rodent Hosts. Am J Trop Med Hyg. 2014 Apr 21. [résumé]

  • 2013 :

- Cozzuol Mario A., Camila L. Clozato , Elizete C. Holanda , Flávio H. G. Rodrigues , SamuelNienow , Benoit de Thoisy , Rodrigo A. F. Redondo , and Fabrício R. Santos (2013)A new species of tapir from the Amazon. Journal of Mammalogy, 94(6):1331-1345. [article]

- Molfetti E, Vilaça ST, Georges JY, Plot V, Delcroix E, Le Scao R, Lavergne A, Barrioz S, dos Santos FR, de Thoisy B. Recent demographic history and present fine-scale structure in the Northwest Atlantic leatherback (Dermochelys coriacea) turtle population. PLoS One. 2013;8(3):e58061. [article]

- Pomier C, Rabaaoui S, Pouliquen JF, Couppié P, El Guedj M, Nacher M, Lacoste V, Wattel E, Kazanji M, Mortreux F. Antiretroviral therapy promotes an inflammatory-like pattern of human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) replication in human immunodeficiency virus type 1/HTLV-1 co-infected individuals. J Gen Virol. 2013 Apr;94(Pt 4):753-7.

  • 2012 :

- Fagrouch Z., R. Sarwari, A. Lavergne, M. Delaval, B. de Thoisy, V. Lacoste, and E. Verschoor. 2012. Novel polyomaviruses in South American bats and their relationship to other members of the Polyomaviridae. J Gen Virol. 93 (12): 2652-7. [Article]

- Matheus, S., A. Lavergne, B. de Thoisy, P. Dussart and V. Lacoste. 2012. Complete genome sequence of a novel hantavirus variant of Rio Mamoré virus, Maripa virus, from French Guiana. J Virol. 86 (9): 5399. [Article]

- Plot V, de Thoisy B, Blanc S, Kelle L, Lavergne A, Roger-Bérubet H, Tremblay Y, Fossette S, Georges JY. (2012) Reproductive synchrony in a recovering bottlenecked sea turtle population. J Anim Ecol. 2012 Mar;81(2):341-51.[article]

- Trinca CS, de Thoisy B, Rosas FC, Waldemarin HF, Koepfli KP, Vianna JA, Eizirik E. Phylogeography and demographic history of the neotropical otter (Lontra longicaudis). J Hered. 2012 Jul;103(4):479-92. [article]

  • 2011 :

- Lavergne, A., B. de Thoisy, J. F. Pouliquen, M. Ruiz-García and V. Lacoste. 2011. Partial molecular characterization of New World non-human primate lymphocryptoviruses. Infect. Genet. Evol. 11 (7): 1482-9. [Article]

- Mercier, A., D. Ajzenberg, S. Devillard, M.P. Demar, B. de Thoisy, H. Bonnabau, F. Collinet, R. Boukhari, D. Blanchet, S. Simon, B. Carme, M.-L. Dardé. 2011. Human impact on genetic diversity of Toxoplasma gondii: Example of the anthropized environment from French Guiana. Infect. Genet. Evol. 11 (6): 1378-87. [Article]

- Simonnet, C., V. Lacoste, A. S. Drogoul and N. Rastogi. 2011. Automated extraction and amplification for direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex in various clinical samples. J Clin Microbiol. 49 (4): 1700-1. [Article]

  • 2010 :

- Gessain, A., T. M. Rose, A. Lavergne and V. Lacoste. 2010. Comment on Mugisha et al. J Med Primatol 2010; 39: 71-76. J Med Primatol. 39: 363-64. [Article]

- Lacoste V, Lavergne A, de Thoisy B, Pouliquen JF, Gessain A. Genetic diversity and molecular evolution of human and non-human primate Gammaherpesvirinae. Infect Genet Evol. 2010 Jan;10(1):1-13

- Lavergne, A., M. Ruiz-Garcia, F. Catzeflis, S. Lacote, H. Contamin, O. Mercereau-Puijalon, V. Lacoste and B. de Thoisy. 2010. Phylogeny and phylogeography of squirrel monkeys (genus Saimiri) based on cytochrome b genetic analysis. Am J Primatol. 72 (3): 242-53. [Article]

- Matheus, S., F. Djossou, D. Moua, A. M. Bourbigot, D. Hommel, V. Lacoste, P. Dussart and A. Lavergne. 2010. Hantavirus Pulmonary Syndrome, French Guiana. Emerg Infect Dis. 16 (4): 739-41. [Article]

- de Thoisy B1, da Silva AG, Ruiz-García M, Tapia A, Ramirez O, Arana M, Quse V, Paz-y-Miño C, Tobler M, Pedraza C, Lavergne A. Population history, phylogeography, and conservation genetics of the last Neotropical mega-herbivore, the lowland tapir (Tapirus terrestris).BMC Evol Biol. 2010 Sep 14;10:278. [article]

  • 2009 :

- de Thoisy, B., A. Lavergne, J. Semelin, J. F. Pouliquen, F. Blanchard, E. Hansen and V. Lacoste. 2009. Outbreaks of disease possibly due to a natural avian herpesvirus infection in a colony of young Magnificent Frigatebirds (Fregata magnificens) in French Guiana. J Wildl Dis. 45: 802-7. [Article]

- de Thoisy, B., V. Lacoste, A. Germain, J. Munoz-Jordan, C. Colon, J. F. Mauffrey, M. Delaval, F. Catzeflis, M. Kazanji, S. Matheus, P. Dussart, J. Morvan, A. A. Setien, X. Deparis and A. Lavergne. 2009. Dengue infection in neotropical forest mammals. Vector Borne Zoonotic Dis. 9: 157-70. [Article]

Financement en cours :

  •  Programme Bioviro

Les rongeurs représentent le plus abondant et diversi­fié des ordres de mammifères. De nombreuses espè­ces vivent en relation étroite avec l’homme et ont été décrites comme réservoirs de virus

À titre d’exemple, les Hantavirus, appartenant à la famille des Bunvaviridae, sont répandus dans le monde entier et induisent, en Amérique du Sud, un syndrome cardiapulmonaire avec un taux élevé de mortalité En Guyane française. quatre cas humains de ce syndrome ont été identifiés ces dernières années. Des enquêtes environnementales réalisées autour de deux de ces cas ont permits d’identifier deux espèces de rongeurs potentiellement réservoirs (données non publiées, LIVH).

Plus récemment, un nouvel arénavirus a également été identifié chez une espèce de rongeurs trouvée en forêt primaire (données non publiées, LIVH). Ces résultats soulignent l’importance de la ca­ ractérisation de la diversité virale chez les rongeurs sauvages.

Jusque récemment, cette diversité virale était le plus souvent étu­ diée via des approches classiques comme l’isolement viral, le cribla­ ge moléculaire spécifique ou la sérologie. Depuis peu, les approches de métagénomique ont ouvert de nouvelles perspectives d’investi­ gation afin d’appréhender la biodiversité  » parasitaire , dans les populations de mammifères.

L’objectif du projet BioViro est de caractériser, par une approche de metagénomique, la biodiversité virale de différentes espèces de rongeurs retrouvées dans une palette d’habitats, y compris à proxi­ mité immédiate de l’homme. Ce projet contribuera à une meilleure connaissance de la diversité virale des rongeurs de Guyane. Il devrait également permettre d’identifier de nouveaux virus potentiellement pathogènes pour l’homme, de mieux caractériser l’environnement infectieux auquel peuvent faire face les communautés humaines (traditionnelles et modernes) et enfin de développer de nouveaux outils de diagnostic.

Ce projet est financé par le labex CEBA (Centre d’Etude de la Biodi­ versité Amazonienne), l’Observatoire Homme-Milieu (CNRS Guyane) et l’IPG et est réalisé en collaboration avec l’Université Montpellier Il (F. Catzeflis) et la plateforme génomique de l’Institut Pasteur de Paris (C.Bouchier).

 

  • Programme Carolia

L’épidémiologie et la pathogénicité du virus de la rage chez les chauves-souris restent peu étudiées. De fait, peu nombreuses sont les données concernant sa cir­ culation, le taux de mortalité induit par l’infection dans les colonies de chauves-souris ou encore sur la durée d’excrétion du virus par les animaux infectés. Ces données sont pourtant essentielles à la compré­ hension de l’épidémiologie de la rage.

L’objectif général du projet CAROLIA (Cycle et Acteurs de la Rage : Observation des Lyssavirus Infectant les Animaux) est de mieux comprendre les modalités de circulation, de maintien et de disper­ sion du virus rabique chez différentes espèces de chauves-souris, dont le vampire (Desmodus rotundus).

Pour cela deux grands volets sont développés:

- un suivi spatial et temporel de la circulation du virus rabique chez le vampire par des approches sérologique et moléculaire. Ceux-ci seront suivis par capture/marquage/recapture permet­ tant d’estimer la taille des populations, leur capacité de disper­sion et par là même du virus, ainsi que les échanges entre les populations. Ce volet permettra de mieux appréhender les fac­teurs influençant la variabilité de la séroprévalence observée dans les colonies de Desmodus ;

la caractérisation des acteurs de la réponse immunitaire innée afin de comprendre les mécanismes immuns mis en jeu au cours de l’infection. De fait, les chauves-souris semblent survivre

à l’infection avec des individus montrant des variations de leurs titres en anticorps au cours du temps. Ce deuxième volet est assuré par Mlle M.C. Lise, post- doctorante recrutée dans le cadre du programme STRonGer.

Le projet CAROLIA devrait contribuer à une meilleure connaissance des facteurs biologiques, écologiques, génétiques et environnementaux pouvant favoriser l’émergence du virus rabique chez l’homme et chez les animaux domestiques. Ce projet, porté par le LIVH, finan­cé sur la période 2012-2014 par les fonds européens FEDER et par l’IPG, est réalisé en collaboration avec le Centre National de Référen­ce de la Rage à l’Institut Pasteur de Paris (H. Bourhy) et l’association Kwata.